През този период Българската православна църква заема своето място. В Търновската конституция се постановява, че господстващата вяра е православното християнство с източното изповедание. Следователно православието се превръща в държавна религия. Това е признание на ролята, която православието е играло в живота на българина. Важно е за консолидацията на народа в рамките на етническите граници. Православната църква може да вдъхне сили за поддържане на българщината в териториите, които остават под турска власт след Берлинския договор. След Освобождението България е разпокъсана, но Екзархията е символ на единството и целостта на българския народ, тя е институция, която може да помогне за обединението на България. Берлинският договор включва обща формулировка за свободата и равенството на изповеданията. Тя включва епархиите на Източна Румелия, Македония, Одринска Тракия. Патриаршията смята, че ферманът от 1870 г. е невалиден за онези територии. Добруджа отива към Румънската църква, а Ниш към Скопската епархия. След балканските войни епархиите в Ниш и Битоля преминават към Сръбската църква. След Първата световна война по силата на Ньойския договор българската църква загубва нови епархии.
Българската епархия получава най-пълно признание в Княжеството. Освобождение на България води до нови проблеми на църквата. Ролята на църквата до този момент е водеща, защото е първа институция в живота на българите. След Освобождението независимата държава ограничава функциите на православната църква. Интересите се противопоставят. Това води до поставяне на църквата в подчинено положение по отношение на държавата. Конфликт между монарха-католик и църквата възниква, а завършва с успех на православната църква. Първата проява на противоречие между държавата и църквата е църковното законодателство. Екзархът изготвя сам екзархийски устав, а министерството - друг. Църквата престава да играе роля на представител на народа и държавата може да се намества в църковния живот. Конфликтът се изостря при Стамболов, когато на русофилското духовенство се налагат нови ограничения. През 1888 г. е разтурен синодът, защото екзархът не пожелал да спомене Фердинанд вместо руския цар, както било дотогава. Усложнения настъпват и във връзка с вярата на престолонаследника. Правителството настоява и престолонаследника да бъде не православен, но синодът се налага. Борис е миропомазан от екзарх Йосиф в църквата ”Св. Неделя”. В следващите години църквата се заема със своето кадрово и организационно развитие, изменен е екзархическия устав. Българската църква получава големи суми от държавата, недвижими имоти и заема лоялна позиция към държавата. Основната задача на църквата през този период е религиозното и нравствено възпитание на народа, подготовката на клира. Към 1915-1916 г. Цариградската семинария се премества в Пловдив. Тя дава средно богословско образование. По-късно и богословския факултет. Важен проблем стои схизмата, т.е. за вдигането й, за да заема Българската православна църква достойно място сред останалия свят. Патриаршията проявява нетърпимост и не допуска българската църква до международни срещи. Въпреки усилията, този въпрос остава нерешен и това пречи на нормалния между църковен живот. Обяснението за слабата религиозност у българина е в историческото минало /османското владичество/, борбата с гръцкото духовенство. Българската православна църква заварва у българина след Освобождението обредна религиозност, отколкото една осъзната религиозност като светоглед. След Освобождението отмира ролята на църквата, разпространява се атеизъм сред интелигенцията. Това допринася религията да не се възприема като идейно течение. Но все пак религиозността се запазва при традициите в бита. Това я прави необходима институция в живота на българите. През този период е построен и храма “Свети Александър Невски”.
